按产品应用领域分
食用酵素：以动物、植物、菌类等为原料，经微生物发酵制得的含有特定生物活性成分的可食用酵素产品，例如玫瑰花酵素、蓝莓酵素等。
环保酵素：以动物、植物、菌类等为原料，经微生物发酵制得的含有特定生物活性成分的用于环境治理、环境保护等的酵素制品，如除臭酵素、水体净化酵素等。
日化酵素：以动物、植物、菌类等为原料，经微生物发酵制得的含有特定生物活性成分的用于化妆品、口腔用品、洗涤用品等的酵素产品，像酵素洁面皂、酵素牙膏等。
饲用酵素：以动物、植物、菌类等为原料，经微生物发酵制得的含有特定生物活性成分的用于动物养殖的酵素产品，比如宠物酵素、饲料酵素等。
农用酵素：以动物、植物、菌类等为原料，经微生物发酵制得的含有特定生物活性成分的用于土壤改良、农作物生长、病虫害防治等的酵素产品，例如驱虫酵素、抗病酵素、土壤改良酵素等。
按产品形态分
液态酵素：产品形态在常温下是液体的产品。
半固态酵素：产品形态为膏状，胶冻状，胶膜状等。
固态酵素：产品形态为粉末，颗粒，片状、不规则块状等。
按生产工艺分
纯种发酵酵素：以动物、植物、菌类等为原料，添加或不添加辅料，由人工培养的有明确分类名称的微生物发酵制得的酵素产品。
群种发酵酵素：以动物、植物、菌类等为原料，添加或不添加辅料，由特定自然环境中的微生物发酵制得的酵素产品。
复合发酵酵素：以动物、植物、菌类等为原料，添加或不添加辅料，以纯种发酵和群种发酵共同制得的酵素产品。
按发酵原料种类分
植物酵素：以植物为主要原料，添加或不添加辅料，经微生物发酵制得的酵素产品的总称。
菌类酵素：以菌类为主要原料，添加或不添加辅料，经微生物发酵制得的酵素产品。
动物酵素：以动物组织及其制品为主要原料，添加或不添加辅料，经微生物发酵制得的酵素产品。
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